АПМП ЕАЭС  создана в 2011 году в рамках Таможенного союза России, Белоруссии и Казахстана. В настоящий момент объединяет ведущие предприятия масложирового комплекса и смежных с ним отраслей, а также научные учреждения стран Евразийского экономического союза.

Основными задачами Ассоциации являются участие в разработке и реализации программ развития масложирового комплекса Евразийского экономического союза. Подготовка предложений по внесению в установленном порядке законодательных и иных нормативных актов, направленных на защиту прав и интересов производителей масложировой продукции. Содействие в развитии интеграционных связей и межотраслевой кооперации предприятий — членов Ассоциации с предприятиями стран — членов ЕАЭС, СНГ и других стран.

Деятельность Ассоциации способствует техническому перевооружению предприятий — членов ассоциации, сохранению и совершенствованию производственно-технологических связей между членами ассоциации и остальными участниками рынка масложировой продукции, решению задач, поставленных в Доктрине продовольственной безопасности.